Som modstander af nazisterne tog han efter deres magtovertagelse til Nederlandene, hvor han 1933-42 levede som freelance kunstner i filosoffen René Descartess tidligere hjem i byen Egmond aan den Hoef(en) i provinsen Nordholland. Da prinsesse Beatrix blev født i 1938, portrætterede han nogle af de børn, der blev født samme år i Egmond aan den Hoef. Kommunen har senere overdraget malerierne til de kongelige arkiver.[1]
Efter den tyske besættelse af Nederlandene blev han arresteret og fængslet i tre dage. Han fik information fra Tyskland om, at hans kolleger var villige til at skjule ham, og Bowien levede resten af krigen uopdaget i en lille landsby i Bayern.
Efter krigen besøgte han blandt andet Norge og Schweiz. Hans arbejde har været udstillet i flere byer i Tyskland; desuden blandt andet i København og Paris, og hans arbejde kan ses på flere museer.[1][2]
Bowien døde den 3. december 1972 i sin bolig i Weil am Rhein.[3] Den 20. oktober 1976 blev venskabsforeningen Erwin Bowien grundlagt i "Deutsches Klingenmuseum" i Solingen.[4]
