Ægteskabet fik en noget dramatisk indledning, da de som nygifte drog til i USA, hvorfra skibsreder Mærsk Mc-Kinney Møller førte rederiets skibe gennem krigsårene.
I USA blev to af ægteparrets tre døtre født. Den yngste datter blev født i 1948 efter hjemkomsten til Danmark. Emma Møller var kendt for ikke at invitere pressen inden for i hjemmet i Charlottenlund. Hun stillede gerne op ved officielle lejligheder, når der var brug for det, men de sidste år blev Mærsk Mc-Kinney Møller ofte set alene. Fru Mc-Kinney Møller var de sidst år plaget af gigt og måtte bruge kørestol.