Født i London, England og voksede op i Berkshire. Hendes far er lydtekniker og hendes mor er en forretningskvinde. Hun har en bror der læser politik. Hun begyndte at spille skuespil da hun var tre efter hun så Show Boat, som hendes far arbejdede på. Hun uddannede sig på St Edward's School, Oxford (2000-2005), hvorefter hun læste på Drama Centre London, hvor hun blev uddannet i 2009.
Karriere
Clarkes første tv-rolle var som gæstestjerne i Doctors i 2009, som hun fik på sit sidste år. Hendes næste rolle var i 2010, i en tv-film for kanalen SyFy, der hed Triassic Attack hvor hun spillede en karakter der hed Savannah. Hendes store gennembrud var da hun blev castet som Daenerys Targaryen i HBOGame of Thrones, som er baseret på George R. R. Martins bogserie A Song of Ice and Fire. Clarke var castet som erstatning af den britiskeskuespillerindeTamzin Merchant som blev castet til prøveafsnittet, men senere droppede ud af ukendte årsager. Serien kørte første gang i april2011 med stor succes og er hurtig blevet fornyet med flere sæsoner.