Ved et natlig møde med Hitler og Hermann Göring blev Hácha tvunget med trussel om bombning af Praha og invasion af landet. Uden at forhøre sig med det tjekkoslovakiske parlament anerkendte han at Böhmen og Mähren blev indlemmet i Tyskland under betegnelsen Protektoratet Böhmen og Mähren. Hácha blev derefter marionetpræsident i protektoratet. Han forsøgte at samarbejde med den tyske besættelsesmagt for på den måde at gøre besættelsen mere tåleligt.
Ved Prahas befrielse den 13. maj1945 blev Hácha arresteret. Han havde et meget dårligt helbred, og han blev hurtigt overført til et fængselssygehuset, hvor han døde i slutningen af juni samme år.
