Ebbe Tønder sad i bestyrelsen for De danske Krigsinvaliders Selskab og for Foreningen til understøttelse af Dannebrogsridderes Efterladte. Han var Kommandør af 1. grad af Dannebrogordenen, Dannebrogsmand og bar Jernkroneordenen.
Han var gift med Marie Johanne født Toft (død 1902).