Bo Hansen er født i Holstebro og begyndte karrieren i Holstebro Boldklub. I juli 1991 udviste Brøndby IF interesse for Hansen.[2] Hansen valge at færdiggøre sin uddannelse og spillede yderligere tre år for Holstebro, hvormed han nåede at spille over 140 kampe for klubben.[3]
I 1994 skiftede han til Brøndby IF, hvor han skrev under på en deltidsaftale for samtidig at kunne gøre brug af sin uddannelse.[4] Han blev en succes og kåret til efterårets profil af Tipsbladet i efteråret 1994. Det betød udtagelse til landsholdet, og han var med til Confederations Cup i Saudi-Arabien i 1995, hvor han deltog i kampen mod værtslandet Saudi-Arabien. Det blev hans eneste landskamp, efter han de næste år blev ramt af skader og havde problemer med at holde et stabilt højt niveau.
Hans sæson i 1997/1998 var spillemæssigt fremragende, og Brøndby vandt The Double, hvor Hansen og Ebbe Sand var et af de mest målfarlige angrebspar i Superligaens historie. I starten af 1999 skiftede han til engelske Bolton Wanderers i den næstbedste engelske række i en handel, der ifølge B.T. havde en værdi af £1 millioner.[5] Han fik sin debut den 21. februar 1999, da han blev skiftet ind med 14 minutter tilbage.[5] De rykkede op i 2001, men med oprykningen fik han sværere ved at få spilletid og skiftede tilbage til danske FC Midtjylland i 2002. Han måtte opgive karrieren på topplan på grund af slidgigt i knæet i september 2004 i en alder af 32 år.[6] Han har sidenhen spillet som amatør for Holstebro Boldklub i 2. division.
