Balthasar Münter blev student i 1811 (privat dimitteret) og tog derefter den teologiske eksamen med udmærkelse i 1817. Da han i 1823 kom hjem efter en større udlandsrejse, blev han samme år 2. residerende kapellan ved Holmens Kirke. Han tjente ved Holmens Kirke resten af livet, fra 1835 som 1. residerende kapellan og fra 1849 som sognepræst og provst. Tillige blev han hofprædikant (1828) og kongl. konfessionarius (1861)
At Münter blev meget kendt i København, skyldtes ud over alle disse hverv hans virksomhed som præst og sjælesørger. Han var gennem en lang periode en af hovedstadens mest ansete præster. Hans personlighed blev beskrevet med ordene ydmyghed, troskyldighed, hjertelighed, gudsfrygt og kristelig alvor. Disse egenskaber gjorde ham meget skattet af både høje og lave, gamle og unge, i skriftestolen og blandt konfirmander.
Ved 300-årsfesten for reformationen erhvervede han sig doktorgraden i teologi. Af skriftlige materialer udgav han nogle prædikener og taler, hvorfor han ikke har sat sig de store spor i nutidens kirkeliv. Han udgav 1857 en andagtsbog: Christelig Andagtsbog til Brug i Orlogs- og Koffardifarten, som blev populær.
