Darganfyddwyd yr ynysoedd yn 1772 gan Yves Joseph de Kerguelen de Trémarec. Hyd ar ddechrau'r 20fed ganrif, defnyddid hwy gan helwyr morloi a morfilod. Gostyngodd niferoedd y rhain yn fawr oherwydd gor-hela, ond maent yn awr wedi cynyddu eto. Ceir hefyd lawer o adar y môr yn nythu yma, yn cynnwys yr albatros. Ers 1950, mae Ffrainc wedi cynnal gorsaf wyddonol Port-aux-Français yma, gyda staff o 60 hyd 100 o bobl.