Česká fotbalová liga měla v sezóně 2011/12 stejně jako v sezoně předchozí stejný počet klubů a tedy i stejný systém. Z 2. ligy do ČFL sestoupilo Kladno jako 15. celek 2. nejvyšší soutěže. Naopak z divizí postoupily: Chrudim, Letohrad, Roudnice nad Labem a Domažlice.
Kluby podle krajů
Praha: Loko Vltavín
Plzeňský: FC Viktoria Plzeň B, Jiskra Domažlice
Liberecký: FC Slovan Liberec B, SK Hlavice, Arsenal Česká Lípa
Karlovarský: 1.FC Karlovy Vary
Ústecký: FC Chomutov, SK Roudnice nad Labem
Jihočeský: FC Písek
Středočeský: SK Kladno, FK Králův Dvůr, Sokol Ovčáry, FK Mladá Boleslav B, FK Kunice
Pardubický: FK Pardubice, FK OEZ Letohrad, MFK Chrudim