Dekretem vydaným 21. září 1994 posílil Ousmane svou moc na úkor pravomoci předsedy vlády. Následně Issoufou 28. září 1994 rezignoval z funkce předsedy vlády. PNDS nenavrhla nového kandidáta na premiérský post a vystoupila z AFC. Tím AFC ztratila parlamentní většinu. PNDS poté navázala spojenectví s opoziční MNSD navzdory historickému nepřátelství vůči této straně. Dva z předních členů strany, Adji Kirgam a Mayou Ibrahim, kteří s novým spojenectvím nesouhlasili, byli ze strany vyloučeni.
Ztráta parlamentní většiny AFC vedla k předčasným volbám, které se konaly v lednu 1995. V nich PNDS získala 12 křesel v Národním shromáždění a spolu s MNSD a dvěma menšími stranami získala parlamentní většinu. Předsedou vlády se stal Hama Amadou z MNSD, zatímco Issoufou se stal předsedou Národního shromáždění. Vzrůstající rivalita mezi prezidentem a novou vládou vedla v lednu 1996 k vojenskému převratu vedeném Ibrahimem Bare Maïnassarou.
V červenci 1996 se konaly prezidentské volby, které již v prvním kole vyhrál Maïnassara. Ve volbách za PNDS kandidoval opět Issoufou, který skončil se ziskem 7,60 % hlasů na čtvrtém místě.[2] Spolu s dalšími opozičními stranami sdruženými do Fronty pro obnovení a obranu demokracie, PNDS bojkotovala parlamentní volby konané v listopadu 1996.[3]
Další státní převrat v dubnu 1999 vedl k všeobecným volbám konaným koncem roku. V prezidentských volbách v roce 1999 zvítězil kandidát MNSD Mamadou Tandja. Za PNDS ve volbách opět kandidoval Issoufou, který skončil po prvním kole voleb na druhém místě se ziskem 22,79 % hlasů. Ve druhém kole získal 40,11 % hlasů. V parlamentních volbách získala PNDS 16 z 83 mandátů a stala se největší opoziční stranou.[2][4]
Ve všeobecných volbách v roce 2004 kandidoval na post prezidenta opět Issoufou. V prvním kole skončil se ziskem 24,6 % hlasů druhý. Ve druhém kole jej opět porazil Tandja. V parlamentních volbách získala PNDS 13,4 % hlasů, které ji zajistily 17 ze 113 křesel v Národním shromáždění.[2]
V roce 2009 strana opět bojkotovala parlamentní volby.[2] Ve všeobecných volbách, které se konaly v roce 2011 opět kandidoval Issoufou do prezidentského úřadu. Tentokrát se mu v druhém kole podařilo porazit svého soka Seyniho Oumaroua z MNSD. PNDS se ve stejných volbách stala nejsilnější parlamentní stranou, když získala 34 ze 113 křesel. Ve všeobecných volbách v roce 2016 Issoufou obhájil svou funkci prezidenta. I PNDS zůstala nejsilnější politickou stranou v Nigeru, když v Národním shromáždění obsadila 75 ze 171 křesel.
