Marie Magdalena byla provdaná za uherského šlechticeMikuláše II. Pálffyho, zakladatele moci a bohatství tohoto rodu, jejž přežila o celých 46 let. Jako věno do manželství Marie Magdalena přinesla rodu Pálffyů část panství Červený Kameň (Vöröskö) v Bratislavské župě, z větší části však byl odkoupen od dědiců Fuggerových. Kromě toho přinesla do manželství panství Borinku. Manželé měli pět synů a tři dcery:
Po její smrti byla vydána pamětní mince, na jejíž lícní straně jsou uvnitř vavřínového věnce v devíti řádcích vepsána slova: Maria Fuggerin Stephani etJoannis Pálffyorum mater, qui simul sepulti Posonii 29. Maji 1646. Na rubu je zobrazena bohyně Diana ozdobená vavřínovým věncem, jak oběma rukama drží parohy jelena. Nad Dianinou hlavou je půlměsíc v paprscích a nad ním je na pásce vepsáno: „Ad astra mecum“.