Počátky stavby jsou datovány do poloviny 9. století, kdy zde byla postavena kaple věnovaná sv. Germanovi. Roku 878 silné záplavy na řece Têt zničily klášter San Andrés de Eixalada a místní mniši byli nuceni přijmout útočiště v okolí. V červnu roku 879 byl pro řeholníky založen klášter Saint-Michel de Cuxa a majetek nově založeného kláštera byl rozšířen o majetky zničeného předchůdce. Roku 974 byl za účasti pěti biskupů vysvěcen trojlodní klášterní kostel sv. Michala s pěti či sedmi apsidami. O čtyři roky později se do klášterního ústraní v Pyrenejích uchýlil benátský dóžePetr Orseolo společně s poustevníkem Marinusem a sv. Romualdem.
Roku 1008 převzal opatský úřad biskup Oliba a započalo období největšího rozkvětu kláštera charakterizované mnoha stavebními úpravami.
Křížová chodba s plastickými zvířecími hlavicemi sloupů pochází z 12. století a je pravděpodobné, že stejní sochaři pracovali i na jižní empoře a tribunách kláštera Serrabone.[2]
