Narodil se v německé rodině na Šumavě ve Starých Hutích (Kaltenbach) nedaleko Nových Hutí. Vyučil se řezníkem, oženil se a přestěhoval k ženě do usedlosti na Pláních. Přivydělával si pašeráctvím přes hranici do Bavorska. Za války sloužil v německém wehrmachtu. Po válce se vrátil na Šumavu, ale v roce 1946 byla celá rodina odsunuta do Bavorska. Usadil se nedaleko hranic v bavorském Röhrnbachu, kde založil velkoobchod se dřevem.
I když se v řadě publikovaných článků o něm objevuje tvrzení, že se jmenoval Franz a Kilián bylo krycí jméno, ve skutečnosti to bylo obráceně, o čemž svědčí nápis na hrobě i zápisy v matrikách.[4]
Po komunistickém převratu v roce 1948 se stal agentem americké zpravodajské služby CIC. Převáděl přes hranici do Československa americké tajné agenty a z Československa do Bavorska emigranty. V roce 1950 byl nedaleko Františkova na Šumavě zraněn při přestřelce s příslušníky tehdejšího Sboru národní bezpečnosti. Díky znalosti terénu se mu podařilo uniknout zpět do Bavorska, kde byl dopraven do bavorské nemocnice v Grafenau,[3] jeho tři společníci byli dopadeni a odsouzeni a jednomu z nich, bývalému příslušníkovi SNB Bohuslavu Benešovi, byl udělen trest smrti.
Po tomto incidentu se do Československa už nikdy nevrátil. Zůstal však nadále ve styku s československou emigrací. Rádio Svobodná Evropa v Mnichově a ve Vídni s ním natočilo celou řadu relací. Roku 1957 byl na něho ze strany StB dokonce i spáchán pokus o atentát. Do konce svého života v roce 1977 se živil jako obchodník se dřevem. Zemřel ve věku 72 let ve Waldkirchenu.
Koncem 50. let se na Šumavě, hlavně v Kvildě a jejím okolí a na Prášilech, natáčel ideologicky zaměřený film Král Šumavy. Scenáristé se inspirovali stejnojmenným románem spisovatele Rudolfa Kalčíka, který však nemá se skutečným životem Nowotného nic společného.[8]