Pfitzner se narodil 5. května1869 v Moskvě, kde jeho otec hrál na housle v divadelním orchestru. V roce 1872 se rodina vrátila do otcova rodného města, do Frankfurtu nad Mohanem. Byly mu tehdy dva roky a za svůj domov vždy považoval Frankfurt. Otec ho od dětství učil hrát na housle a v 11 letech složil Hans své první skladby. V letech 1886–1890 studoval na frankfurtské konzervatoři skladbu u Iwana Knorra a klavír u Jamese Kwasta. (Později se s dcerou Jamese Kwasta, vnučkou skladatele Ferdinand Hillera oženil.) Ve studiu hry na klavír a hudební teorie pokračoval v letech 1892–1893 na konzervatoři v Koblenzi.
V roce 1894 byl jmenován dirigentem Městského divadla v Mohuči. Po několika měsících odešel do Berlína, kde se stal prvním dirigentem v divadle Theater des Westens. V roce 1908 konečně získal místo operního ředitele a ředitele konzervatoře ve Štrasburku. Toto místo mu přineslo profesionální stabilitu a umožnilo mu uvádět a řídit své vlastní opery. Hned následujícího roku měla premiéru Pfitznerova první opera Der arme Heinrich komponovaná podle stejnojmenné básně Hartmanna von Aue.
Největším skladatelovým dílem byla opera Palestrina, napsaná v pozdně romantickém duchu.[1] Premiéru měla v Mnichově 12. června 1917 za řízení dirigenta Bruno Waltera. Navzdory tomu co se stalo v následujících letech, Walter ve svých posledních dnech prohlásil, že je přesvědčen, že Palestrina přetrvá. Má v sobě prvky nesmrtelnosti.
Ústřední událostí Pfitznerova života bylo obsazení Alsaska, a tedy i Štrasburku, Francií, jako důsledek 1. světové války. Pfitzner přišel o zaměstnání ve věku padesáti let, což těžce nesl, neboť věřil, že má mimořádné zásluhy o německé umění a že zaslouží zvláštní zacházení. Byl upřímně přesvědčen, že jeho hudba byla nedoceněná a nedostatečně uznávaná. Jeho hořkost a kulturní pesimismus se prohloubil v roce 1920, kdy zemřela jeho manželka a v roce 1926, kdy následkem meningitidy byl jeho starší syn Paul odkázán na institucionalizovanou lékařskou péči.
Jeho vztah k nastupujícímu nacistickému režimu byl rozporuplný. Nacismus vyhovoval jeho nacionalistickému a individualistickému přesvědčení. Přátelil se s Hansem Frankem (později za válečné zločiny popraveným). Setkal se i s Adolfem Hitlerem. Na druhé straně dlouhodobě spolupracoval s židovským dirigentem Bruno Walterem i dalšími židovskými hudebníky. Odmítl napsat novou hudbu ke Snu noci svatojánskéWilliama Shakespeara, s tím, že lepší hudbu než zkomponoval Felix Mendelssohn-Bartholdy (nenáviděný nacisty pro svůj židovský původ) by nenapsal. Jeho postoje nezůstaly utajené. Slíbená místa operního ředitele v Düsseldorfu ani generálního intendanta Berlínské městské opery nezískal. Od roku 1928 působil jako dirigent Mnichovské opery, ale po příchodu nacistů k moci v roce 1934 byl odvolán ze všech svých funkcí, včetně akademických, a penzionován.
Jeho domov byl za války vybombardován. Skladatel byl po válce zbaven obvinění ze spolupráce s nacisty, bylo mu vráceno členství v Mnichovské hudební akademii i rezidence v Salcburku, ale jeho zdraví bylo podlomené. Objevila se i duševní choroba. Zemřel v Salcburku v roce 1949. Na jeho počest dirigoval Wilhelm Furtwängler téhož roku na Salcburském festivalu jeho Symfonii C-dur.
Claire Taylor-Jay: The Artist Operas of Pfitzner, Krenek and Hindemith: Politics and the Ideology of the Artist. Aldershot: Ashgate, 2004 ISBN0-7546-0578-7.