Johana Scaligerová pocházela ze šlechtického rodu Scaligerů z Verony, konkrétně jeho z německé linie, kterou založil Vilém ze Scaly (Guglielmo della Scala). byla dcerou Giovanniho Vermunda (* 25. června 1571 - 24. dubna 1592), pána z Amerangu, a Alžběty z Thurnu a Taxisu († 29. ledna 1579) ze Salzburgu.
Johana byla pramátí dvou z nejvýznamnějších rodin ve Svaté říši: