V jihovýchodní části lesa, zejména v prostoru mezi tratí 246 a silnicí I/55 k hraničnímu přechodu Poštorná/Reintal, dlouho dělalo problémy množství nevybuchlé munice, která zde byla rozmetána koncem druhé světové války při likvidaci muniční továrny.[2][3]
Za druhé světové války v Bořím lese fungovala německá muniční továrna s vlastní železniční vlečkou. Na konci války v továrně zůstávalo množství vyrobeného střeliva, přičemž sovětská armáda do továrny navezla ještě značné množství munice ukořistěné a následně ji odpálila. Místo její likvidace dosáhli pouze toho, že výbuch nevybuchlou munici rozmetal do širokého okolí. Od 70. let les systematicky čistil pyrotechnik František Mácha. Zlikvidoval desítky tisíc kusů munice. V letech 1991–2002 stát nechal vyčistit dalších 250 hektarů lesa. Pyrotechnici se do lesa vrátili v roce 2015, tentokrát s cílem jej vyčistit celý. Do začátku roku 2024 prohledali téměř 387 hektarů lesa a našli 46 850 kusů munice. Dokončení prací je plánováno na rok 2026.[4]
