Její rodiče byli Wolfgang Nicolaus Pertl, zástupce prefekta Hildensteinu a jeho manželka Eva Rosina. Roku 1747 se Anna Marie vdala za hudebníka a hudebního skladatele Leopolda Mozarta, s nímž měla sedm dětí. Z důvodu tehdejší vysoké úmrtnosti malých dětí, se však dospělosti nedožilo pět z nich. Jejich dcera Maria Anna Mozartová (zvaná „Nannerl“ / Nanynka) byla talentovaná hudebnice, její schopnosti však byly brzo zastíněny úspěchy jejího geniálního mladšího bratra. Obě děti pak s otcem Leopoldem cestovaly a koncertovaly po celé Evropě, především u dvorů tehdejších panovníků.
Anna Maria Mozartová doprovázela svého syna na několika turné, když nebyl její muž uvolněn svým zaměstnavatelem, salcburskýmarcibiskupem, na cesty.
