Salesiáni působili v Českých Budějovicích neveřejně již od roku 1980.[4] Biskup Miloslav Vlk zde 1. července 1990 zřídil novou farnost a její správu svěřil salesiánům.[5] Ti dostali od biskupství k dispozici bývalý františkánský kostel sv. Vojtěcha a přilehlou budovu, v níž v 80. letech působila státní mateřská škola. V roce 1991 zde vzniklo Salesiánské středisko mládeže.[4]
Činnost farnosti je silně propojena se střediskem mládeže. Ve spolupráci s ním též poskytuje organizační zázemí pro různé akce náboženského charakteru pořádané studenty Jihočeské univerzity, jejíž kampus se na území farnosti nachází. Farnost vydává farní časopis Fíkovník.
