Són heteròtrofs que en la cadena tròfica ocupen les primeres posicions de consumidors, alimentant-se dels productors primaris (components del fitoplàncton), d'organismes descomponedors, com bacteris, o d'altres components del zooplàncton. Alguns s'alimenten de residus orgànics particulats.
En molts casos els integrants del zooplàncton guarden una gran proximitat sistemàtica amb altres del fitoplàncton, de vegades fins i tot són del mateix gènere. Moltes alguesunicel·lulars flagel·lades simultanegen o alternen la fotosíntesi amb la ingestió d'aliments orgànics.