La ciutat de Wolfsburg no es fundà fins a l'any 1938 amb el nom de Stadt des KdF-Wagen amb la intenció d'acollir els treballadors de l'empresa Volkswagen, allí situada. El primer club que hi existí fou per tant un club de l'empresa anomenat BSG Volkswagenwerk Stadt des KdF-Wagen i que competí a la Gauliga Osthannover les temporades 1943-44 i 1944-45.
El 12 de setembre de 1945 es fundà un nou club que s'anomenà breument VSK Wolfsburg. El 15 de desembre el club sofrí una greu crisi i tots els jugadors menys un s'uniren al FC Wolfsburg. El jugador restant, Josef Meyer, juntament amb Willi Hilbert reconstruí el club aquest cop amb el nom de VfL Wolfsburg.
Després d'aconseguir encadenar moltes temporades consecutives a la primera divisió de la Bundeslliga sense cap descens, amb nombroses bones posicions i classificar-se per la Copa de la UEFA diverses vegades, va aconseguir guanyar la lliga 2008-09 després de competir pel lideratge amb el Bayern de Múnic tota la temporada.
