Hi ha tres esglésies catòliques, també el Museu Episcopal de Samogítia (Bisbat de Samogítia). Entre 1850 i 1864 a Varniai va viure el famós bisbe lituà Motiejus Valančius. La ciutat va ser esmentada per primera vegada en documents escrits el 1350 amb el nom de Medininkai. Als segles XIV i XV va ser camp de batalla entre samogitis i l'Orde Teutònic. El 1416 va ser construïda la primera església i un any més tard es va crear la primera diòcesi. La primera catedral al voltant de 1464. Aquí van aconseguir educació famosos escriptors lituans com a Motiejus Valančius, Antanas Baranauskas, Antanas Strazdas i d'altres. Durant segles l'avui petita ciutat de Varniai ha estat considerada ciutat i capital de la Samogítia.
