Va començar a competir la temporada 2015-16, a la Regional d'Eivissa i Formentera, on va acabar en la quarta posició. La temporada següent, la 2016-17, va acabar primer i va ascendir a tercera divisió. La temporada 2017-18 va acabar tercer i, tot i perdre el play-off d'ascens, va comprar la plaça del Lorca CF i la temporada 2018-19 va competir a segona divisió B.[5]
La temporada 2020-21, l'equip eivissenc va aconseguir pujar a Segona Divisió, després de guanyar l'UCAM Murcia CF en la final de la promoció d'ascens.[6]
Història
L'equip va ser fundat l'estiu del 2015 per un grup d'empresaris encapçalat per Amadeo Salvo,[7] que van dipositar 60.000 euros a la Federació Balear de Futbol per saldar el deute federatiu que havia deixat l'extinta Unió Esportiva Ibiza-Eivissa. D'aquesta manera van poder fer servir el seu nom,[8] acollint-se a larticle 100 del Reglament el qual indica que, transcorreguts cinc anys, es pot emprar la denominació d'un club extint satisfent el seu deute amb el màxim òrgan futbolístic territorial.[9] El seu uniforme era completament vermell. La temporada 2016-17 canvia d'indumentària passant a camisa celeste i pantalons blancs i va ascendir a la Tercera Divisió.[10] El juny de 2017 absorbeix el Ciutat d'Eivissa Club de Futbol i debuta a Tercera Divisió, categoria en què només milita un any ja que, tot i caure derrotada a l'última eliminatòria d'ascens contra l'Atlètic Llevant, la inhabilitació del Lorca FC per part de la RFEF permet a l'equip adquirir una plaça per jugar per primera vegada a Segona Divisió B.[11]
El primer any a Segona B és notable. L'equip comença dubitatiu, però a partir del desembre aconsegueix una ratxa de resultats brillants que el porta a acabar la temporada a només tres punts de la promoció d'ascens. La campanya següent comença amb la mateixa tònica de bons resultats, el club s'enfila a les posicions de promoció després de la tercera jornada i ja no torna a abandonar aquestes posicions, la lliga regular es veu sobtadament paralitzada per la pandèmia del Covid-19, donant lloc a la finalització primerenca d'aquesta, mancant 10 jornades per disputar, i estant el segon a dos punts de l'Atlètic Balears, sent aquest primer. La Federació va crear un Play-off express per ascendir a la categoria de plata, els quatre primers de cada grup, a seu neutral i a partit únic. La U.E. Eivissa es mesuraria el 18 de juliol de 2020 a les 20h a l'estadi Ciutat de Màlaga contra la UE Cornellà, caient per 1-2 davant aquests i sent eliminat del nou play off. Per a la temporada 2020/2021 es va mantenir a Segona B. El 5 de gener de 2021 va donar la sorpresa en eliminar el Real Club Celta de Vigo de la Copa del Rei de futbol 2020-21 amb un marcador de 5-2.[12]
La tercera i última temporada a Segona B va ser celebrada d'una manera diferent de l'habitual com a conseqüència de la pandèmia; la divisió es va jugar en tres etapes: la primera fase regular; una segona etapa d'ascens a Segona Divisió, promoció a Primera RFEF o permanència a Segona RFEF; i posteriorment els play-offs d'ascens. A causa d'aquestes modificacions els equips de la categoria van ser repartits en subgrups amb 10 o 11 equips per agilitzar la competició. La UE Eivissa va ser col·locada al Subgrup III-B juntament amb clubs de la País Valencià i les Illes Balears.[13] La primera etapa va concloure amb la UE Eivissa com a líder del seu subgrup amb 40 punts producte de 12 victòries, quatre empats i dos derrotes, amb aquests números es va classificar a la fase prèvia als play-off d'ascens. En la segona etapa, el club va superar equips de la talla del FC Barcelona B, FC Andorra, Gimnàstic de Tarragona, CE Alcoià i Vila-real B, per la qual cosa va aconseguir el campionat del grup i la seva classificació per als play-offs que van tenir lloc a Extremadura. Els bons números aconseguits a la temporada van permetre que la Unió passés de ronda amb un empat a zero gols davant el Reial Madrid Castella i així accedir a la final per la promoció de categoria,[14] finalment, en el partit per l'ascens a Segona Divisió celebrat a l'Estadi Nuevo Vivero de Badajoz, la Unió Esportiva Eivissa va derrotar per 1-0 la UCAM Múrcia i així el club eivissenc va aconseguir accedir a la categoria de plata per primera vegada en la seva història i en tot just sis anys des de la seva fundació.[15]
En la primera temporada al futbol professional, la UE Eivissa no passa gaires dificultats per salvar la categoria.
La temporada 2022/2023, l'estructura esportiva del club introdueix diferents variables impulsada amb l'arribada de Miguel Ángel Gómez a la Direcció Esportiva en un intent de professionalitzar els diferents estaments de l'entitat celeste. Tot i això, els resultats esportius no acompanyen malgrat els quatre entrenadors que passen per la banqueta de l'Eivissa durant aquesta temporada (Javier Baraja, Juan Antonio Anquela, Carlos Sánchez i Lucas Alcaraz) i el Club pateix el primer descens de la seva història.
A la temporada 2023/2024, Amadeo Salvo confia en Juan Giménez com a responsable de l'àrea de futbol i en Guillermo Fernández Romo com a entrenador.