Ambdues tincions són excitades per la llum ultraviolada a aproximadament 350 nm, i ambdues emeten una llum fluorescent blava/cian a un màxim d'emissió de 461 nm. Es poden fer servir en cèl·lules vivents o fixades, i sovint se les utilitza com substitut d'una altra tinció per àcids nucleics, la DAPI. La diferència clau és que el grup etil addicional de la Hoechst 33342 la fa més lipòfila i, per tant, més apta per travessar membranes cel·lulars intactes. En algunes aplicacions, la Hoechst 33258 té moltes més dificultats per impregnar la diana.
Bibliografia
Hawley, Robert C.; Teresa S. Hawley. Flow Cytometry Protocols (Methods in Molecular Biology (Clifton, N.J.), V. 263.). Totowa, NJ: Humana Press, 2004. ISBN 1-58829-235-5.