La República de Moldàvia s'organitza territorialment segons el que estableix la llei 764-XV/2001, de 27 de desembre de 2001, modificada en darrer terme el 24 d'abril de 2008. Aquest text, aprovat pel Partit Comunista en el poder, fixa 37 unitats territorials diferents, que comprenen 32 districtes (en romanèsraion, plural raioane), tres municipis (Bălţi, Chișinău i Tighina), una unitat territorial autònoma (Gagaúsia, en romanès Găgăuzia) i una unitat territorial (Transnístria, en romanès Stânga Nistrului).
L'estatus final d'aquesta darrera regió no ha estat determinat encara avui dia, donat que aquest territori no està sota el control de les autoritats moldaves. A més, les ciutats de Comrat (a Gagaúsia) i Tiraspol (a Transnístria) tenen la categoria de municipis, tot i que no com a divisió administrativa d'ordre nacional sinó com a municipis de les mateixes regions autònomes.
Organitzacions territorials anteriors
Ciutats i districtes (1992-1998)
Entre 1991 i 1998, Moldàvia va estar organitzada territorialment en 10 ciutats i 40 districtes:[1]
El 1998, la República de Moldàvia modificà la seva organització territorial per tal d'adaptar el país a un esquema més federal, recollint així, en part, les aspiracions de Gagaúsia i Transnístria. El país passà a estar dividit en nou províncies o comtats (en romanès, judeţe), un municipi (la capital) i dos territoris autònoms: