Aquesta construcció es va aixecar durant el Califat Fatimita,[1] concretament la construcció va començar en 990, en època del califaal-Aziz (975-996) i la va acabar en 1013 el seu fill al-Hàkim bi-amr-Al·lah (996-1021). Inicialment estava adossada a l'exterior del primitiu recinte emmurallat, aixecat amb tova per Jàwhar as-Siqil·lí en el lloc triat per ell per fundar una nova ciutat, al nord de la d'època tulúnida. Més endavant va quedar inclosa dintre de l'ampliació de la muralla, que encara es troba adossada al mur del nord de la mesquita.
L'edifici va patir algunes modificacions. Poc després de la seva construcció, en el 1010, al-Hàkim va cobrir parcialment els minarets en la seva part inferior amb uns aparatosos cossos piramidals; hom desconeix la causa d'aquesta obra, és conegut que al-Hàkim era un personatge excèntric, i possiblement només voldria amagar una construcció de l'època del seu pare.
Bàybars II (1308-1309) la va restaurar després de quedar afectada per un terratrèmol, hi va afegir les mabkares als minarets. El 1359 el soldàAn-Nàssir Hàssan (1347-1351 i 1354-1361) la va tornar a restaurar. Després el lloc fou desafectat i destinat a altres usos, com ara presó, estable i caserna de Napoleó, fins que va acabar en ruïna. Es va restaurar a partir del 1980 i fou en aquesta ocasió que es va traslladar de lloc el mausoleu de Qurqumàs, que fins llavors estava situat a tocar de la porta principal de la mesquita.
Les construccions
L'accés principal a la mesquita està situat enfront de l'alquibla i es fa per una porta monumental, decorada. La mesquita està centrada, com altres de l'època, per un ampli pati central envoltat per galeries pels quatre costats. El cantó de l'alquibla està ocupat per una sala coberta formada per cinc naus separades per arcs suportats per pilars rectangulars de maçoneria amb pilars adossats, té una sisena nau perpendicular a l'alquibla a l'altura del mihrab. Els porxos laterals tenen tres naus i el del fons només dos.
D'una forma anàloga a la mesquita d'Ibn Tulun, anterior a aquesta, era envoltada d'un pati, anomenat ziyada, que la separava físicament de la ciutat.
L'actual mihrab es va construir el 1809. Damunt seu hi ha una cúpula, i dues més als vèrtexs de l'edifici, al costat de l'alquibla.
