El segon escrutini del cel de l'Observatori Palomar (POSS II) es va iniciar l'agost de 1985, amb la primera de les plaques de vidre fotogràfic de 14 polzades retirades del telescopi Samuel Oschin de Palomar (llavors anomenat càmera Schmidt de 48 polzades). Jean Mueller va ser contractada com a l'assistent nocturn del 48 polzades (48-Inch Night Assistant) el juliol d'aquell any, i va treballar com a observadora i operadora de telescopis durant tot el temps. Va agafar més de 5500 plaques fotogràfiques i va tenir l'honor de muntar el telescopi i treure la placa final de la històrica càmera de Schmidt el 3 de juny de 2000, a més de descobrir la seva última supernova, 2000cm, aquella mateixa nit.
Jean Mueller va passar centenars d'hores (en el seu temps lliure) escanejant plaques POSS II amb gran augment buscant cometes, asteroides de moviment ràpid i supernoves en un escenari X/Y que contenia les plaques de vidre d'1 mm de gruix. De vegades, Mueller marcava més d'un centenar de galàxies enregistrades en una única placa POSS II per buscar candidats a supernova. Després compararia aquestes plaques amb el primer Palomar Sky Survey (POSS I) de camps similars. Va ser durant els anys del projecte POSS II que Jean Mueller va fer tots els seus descobriments.
Treballant a l'Observatori Palomar, va descobrir un total de 15 cometes, inclosos 7 cometes periòdics (120P/Mueller, 131P/Mueller, 136P/Mueller, 149P/Mueller, 173P/Mueller, 188P/LINEAR-Mueller, 190P/Mueller) i 8 cometes no periòdics.
