Durant la Segona Guerra Mundial les illes van ser ocupades pel Japó, que va establir-hi una base a l'Illa de Manus, l'abril del 1942.
El 29 de febrer de 1944 les Illes de l'Almirallat van ser ocupades durant l'Operació Brewer dirigida pel general estatunidenc Douglas MacArthur. Els nord-americans van construir ràpidament una base, que va ser important per a posteriors operacions a Nova Guinea i Filipines.