Les idees originals del procés MBE van ser establertes per primera vegada per Günther.[3] Les pel·lícules que va dipositar no eren epitaxials, sinó que es dipositaven sobre substrats de vidre. Amb el desenvolupament de la tecnologia del buit, Davey i Pankey van demostrar el procés MBE que van aconseguir fer créixer pel·lícules epitaxials de GaAs sobre substrats de GaAs de cristall únic mitjançant el mètode de Günther. Les investigacions de JR Arthur sobre el comportament cinètic dels mecanismes de creixement i l'observació in situ d'Alfred Y. Cho del procés MBE utilitzant RHEED a finals dels anys seixanta van permetre el desenvolupament posterior important de pel·lícules MBE.[4][5][6]
L'epitaxia del feix molecular té lloc en buit alt o buitultraalt (10−8 –10−12Torr). L'aspecte més important de MBE és la taxa de deposició (normalment menys de 3.000 nm per hora) que permet que les pel·lícules creixin epitaxialment. Aquestes taxes de deposició requereixen un buit proporcionalment millor per aconseguir els mateixos nivells d'impureses que altres tècniques de deposició. L'absència de gasos portadors, així com l'entorn de buit ultra alt, donen lloc a la puresa més alta possible de les pel·lícules cultivades.