Abans de marxar a Rodes el 1503, Lluís XII li va donar un tros de la Vera Creu i li va cenyir l'espasa que Sant Lluís portava a Egipte. Fou acollita a Rodes amb molta magnificència. Els carrers tenien catifes i estaven adornats amb flors d'olor, les cases estaven guarnides amb els escuts. La catedral fou recoberta de catifes turques, tapissos d'or i seda amb els colors del seu escut.
El 1505 va obtenir una victòria sobre el corsari turc Carnali, que feia malvestats a Rodes i les illes dels voltants. A l'any següent, 1506, es va emparar d'una flota de set vaixells enviats pel soldà d'Egipte.
El 1507 va aconseguir prendre una carraca de nom La mogardina o, cosa que és el mateix, la reina dels mars. Aquest vaixell marxava cada any d'Alexandira per anar a vendre sedes, espècies i altres mercaderies a la costa d'Àfrica del Nord. Tenia set ponts i podia portar, a més de l'equipatge i les mercaderies, més de mil soldats i cent canons. Per poder envoltar el pal principal de la nau feien falta sis homes.
De 1507 a 1510 a Orient, Emery d'Amboise va prendre, amb la seva flota, nombrosos vaixells sarraïns. Aquests van preparar una flota de 25 naus, però previngut, Amboise els va anar a atacar amb una flota de vint-i-dos vaixells, amb La mogardina al capdavant. Van atacar els enemics al golf d'Ajazzo, a la costa de Montenegro. Va aconseguir vèncer-els, va capturar onze vaixells i quatre galeres, a més d'un nombrós botí i presoners.
Durant el seu mestrat va fer nombrosos treballs a l'illa de Rodes, s'hi poden trobar, encara avui, les seves armes sobre diferents edificis que va fer construir tant a Rodes com a les illes del Dodecanès. A Rodes, la porta per on entren els cavallers fou acabada sota el seu mestrat. Encara duu avui el nom de Porta d'Amboise i el seu escut hi és gravat. També hi ha el seu escut a la capella de Sant Jordi del Castell de l'Illa de Leros, així com a les muralles d'aquesta illa.
Emery d'Amboise va morir el 13 de novembre de 1512 amb 78 anys. Va deixar la seva herència per a l'orde i per al manteniment dels pobres.
Fonts
Hist, de Tour., IV, 9.
Almanach de Tour., 1702.
P. Anselme, Hist, généal, de la maison de Vertot,.
Hist, des chevaliers de Saint-Jean de Jérusalem. III, 160 et suivantes.
Moréri, Diction, hist., France, VII, 124.
L. Lalanne, Diction, hist, de la France, P. 64.
Dictionnaire d'épigraphie chrétienne par Jean-Jacques Bourassé et Jacques Paul, p.830.
Œuvres choisies de l'abbé de Vertot, par Vertot. p.170.