Es disputà en format d'eliminació directa a doble partit, classificant-se per a la següent ronda l'equip amb més punts anotats en el resultat global de l'eliminatòria. La competició tingué primera ronda, quarts de final, semifinals i final, que se celebrà a partit únic i en una seu neutral.
L'edició de la Copa Barcelona 1945-1946 fou molt accidentada, ja que s'allargà durant sis mesos extraordinàriament. Es caracteritzà per nombrosos ajornaments, suspensions i baixes d'equips. Se celebraren els vuitens de final amb catorze equips i, a la tardor, les semifinals de la competició.[3]
La final fou dominada durant tot el partit pel club mataroní i s'imposà amb claredat al club hospitalenc per 59 a 38. La UE Montgat es proclamà campió i aconseguí la seva primera Copa Barcelona. El capità de l'equip, Diego, aixecà el trofeu.[2]
