Les competències d'aquesta conselleria han estat distribuïdes de distinta manera als successius governs tot i que Educació i Cultura han estat majoritàriament unides a una mateixa conselleria, sumant en alguns moments competències com la de Ciència. Les polítiques educatives i culturals han comptat amb conselleries pròpies en moments molt puntuals de l'etapa preautonòmica (de 1978 a 1979 i de 1981 a 1982) i de la III Legislatura (de 1993 a 1995). També estigueren adscrites a departaments diferents del Consell durant el període del 2007 a 2011 amb la Conselleria de Cultura i Esport per una banda i la d'Educació per l'altra, i durant el periòde del 2011 a 2012 en què es va mantindre la conselleria d'Educació (assumí també les polítiques en foment de l'ocupació) separada d'una conselleria específica de Turísme, Cultura i Esport.
Pel que fa a les competències en ciència, universitat i investigació, han estat vinculades a Educació generalment, a excepció dels diferents moments en què s'han creat departaments expressament per a la gestió d'aquestes polítiques com durant els períodes 2004-2007 o 2019-2023.
Estructura orgànica
L'estructura organitzativa de la conselleria a la X Legislatura (2019-) és la següent:[1]
Secretaria Autonòmica d'Educació i Formació Professional
Direcció General d'Innovació Educativa i Ordenació
Direcció General de Centres Docents
Direcció General de Personal Docent
Direcció General de Formació Professional i Ensenyament de Règim Especial
Direcció General d'Inclusió Educativa
Direcció General de Política Lingüística i Gestió del Multilingüisme
↑Incorpora les competències en matèria de Cultura, anteriorment a la Conselleria de Cultura i Esport, amb la remodelació del Consell efectuada el 2024.