El Nacional va ser fundat el 14 de maig de 1899 com a resultat de l'associació de dos clubs: Uruguay Athletic Club i Montevideo Football Club.[1] És el primer club d'Amèrica que fou fundat només per nadius del país.
El Nacional té una secció de basquetbol que participa en els torneigs de la federació uruguaiana de basquetbol (FUBB) des de 1932. El club guanyà els campionats de 1935 i 1937.
Ciclisme
El Nacional participa en els campionats de la federació uruguaiana de ciclisme des dels seus inicis. Entre altres guanyà la Vuelta Ciclista del Uruguay i la Rutas de América, individualment i per equips. Entre els ciclistes de l'equip destaca Milton Wynants, vencedor d'una medalla d'argent als Jocs Olímpics de Sydney 2000.
Tennis
El Nacional té diverses pistes de tennis al Parque Central on es disputen torneigs de la federació.
Voleibol
El Nacional té la seva pista de voleibol al Parque Central, on juga els seus partits com a local en els torneigs organitzats per la federació.
Futbol femení
El Nacional participa en els campionats del departament de futbol femení de la Federació Uruguaiana de Futbol des de la seva creació el 1996. Ha guanyat diversos títols de lliga.
Futbol sala
El Nacional participa en el campionat organitzat per la comissió delegada de futbol sala de la Federació Uruguaiana de Futbol. Ha guanyat la lliga en diverses ocasions. El seu major èxit fou la segona posició a la Copa Sud-americana de futbol sala l'any 2003.
