Ipavec va estudiar música i medicina a Viena i Graz i s’hi va establir com a metge i cirurgià. A Graz va treballar com a metge en cap al departament de cirurgia del recentment construït Hospital Infantil Anna.[1]
Com a compositor, es considera un dels representants més importants de la música eslovena al segle xix. Les seves cançons (basades en textos de France Prešeren, Anton Aškerc, Oton Župančič, Josip Murn i altres) li van valer la reputació de "Schubert eslovè". A més de quatre grans cantates, també va compondre una opereta eslovena i la primera òpera eslovena Teharski plemici, que es va estrenar al teatre de Ljubljana el 1892.
Després de 1900, Ipavec es va retirar de la vida musical pública. Va morir a Graz només 4 mesos després de la mort del seu germà petit, Gustav Ipavec.[2][3][4] El seu germà gran, Alojz Ipavec, fou també un conegut compositor.