Començada el 1355 pels veïns de Cracòvia per rivalitzar amb la catedral de Wawel, la construcció feta de maons va durar tot el segle xiv, amb tres naus i dues torres quadrades que van ser acabades en els anys 1400 i 1406. La més alta (80 m), acaba amb un casc gòtic punxegut i va ser adornada per una corona daurada el 1666. Des de la part superior d'aquesta torre, cada hora un trompetista toca l'Hejnał mariacki, una melodia tradicional polonesa, transmesa al migdia per la ràdio a tot el país. Aquesta tradició es fa per commemorar que, al segle xiii, un trompetista fou abatut per un tret a la gola mentre feia sonar l'alarma abans d'una invasió mongola. Per això, se la coneix com la torre Hejnał. La torre més baixa (69 m), a la qual es va afegir un elm renaixentista al segle xvi, serveix de campanar a l'església.
A la façana principal, hi ha un pòrtic barroc pentagonal dissenyat per Francesco Placidi, construït al segle xviii.
L'interior allotja dues peces de renom esculpides per Veit Stoss: el Retaule de Santa Maria, un altar de fusta políptic de 12 metres de longitud i 11 metres d'alçada que fou tallat entre 1477 i 1489, i un gran crucifix de gres.