El 1613 va prendre part en la guerra contra el Ducat de Lucca i va tenir un paper primordial en l'assassinat el 1617 del comte Hèrcules Pepoli, el qual es disputava el ducat amb Cèsar.
Profundament enamorat d'ella, a la seva mort, ocorreguda el 1626, Alfons III pensà a prendre els vots eclesiàstics, si bé la mort del seu pare el 1628 comportà que es convertís en duc de Mòdena. El juliol de 1629, però, va anunciar la seva abdicació en favor del seu fill al castell de Sassuolo i el 8 de setembre d'aquell mateix any ingressà a l'Orde dels Caputxins, prenent el nom de Giambattista da Modena.
Sense abandonar les relacions amb el govern del seu fill, entre 1630 i 1631 es distingí com a predicador durant l'aparició de la pesta al seu ducat. L'any següent tornà a la cort de Mòdena, i les crítiques a l'ostentació d'aquesta el convertí en un enemic dels nobles, retirant-se al convent de Castelnuovo di Garfagnana, on morí el 24 de maig de 1644.
.svg)
_-_Ritratto_di_Isabelle_di_Savoia_d%27Este_A81_124,5x100.jpg)
