El seu origen es remunta a 1926, quan es va crear una base aeronaval a Santiago de la Ribera per protegir estratègicament la flota establerta en el port de Cartagena. Originalment, aquestes instal·lacions albergaven les escoles i altres dependències de l'Aeronàutica naval. La majoria dels edificis de l'Acadèmia corresponen a aquesta època en què van pertànyer a la Marina de Guerra.
El 8 d'agost de 1939, acabada la Guerra civil, es va promulgar la llei que va crear el Ministeri del Aire,[1] i el seu primer titular, Juan Yagüe Blanco, fou nomenat per Decret de l'endemà.[2] Poc després, la llei de 7 d'octubre de 1939 creà l'Exèrcit de l'Aire.[3] El 2022 es produeix un canvi de nom i va passar a anomena-se Exèrcit de l'Aire i de l'Espai.[4]
En 1943, la base aèria de San Javier es va convertir en seu de l'Acadèmia General de l'Aire, amb la funció de formar als futurs oficials en els aspectes militar, aeronàutic, cultural i físic. La primera promoció va començar els seus estudis en 1945. La Llei 17/89, de 19 de juliol, Reguladora del Règim del Personal Militar Professional, va permetre la primera promoció de l'Escala d'Oficials en 1990.
Des de 1945, han cursat els seus estudis en la mateixa més de 6.000 alumnes. En l'actualitat els alumnes, en acabar la seva formació, aconsegueixen el grau de tinent o alferes. El total d'hores de vol desenvolupades fins a 2008 va ser de més de 750.000.