El monestir va ser fundat l'any 717 per Widerad. Segons els autors de la Gallia Christiana la nova abadia, posada inicialment sota el patronatge de Sant Praejectus, o Priest, bisbe de Clermont i màrtir, va ser edificada en l'indret on hi havia una fundació monàstica antiga, del temps de Clodoveu. El papa Joan VIII dedicà la nova església cap a l'any 877, moment a partir del qual el patronatge de Sant Pere fou prevalent.
La fama de Flavigny es devia a les relíquies que preservava i a la pietat dels religiosos. El monestir assolí la seva màxima reputació en el segle viii, en temps de l'abat Manasses, que Carlemany autoritzà a fundar el monestir de Corbigny. Manasses transferí des de Volvic cap a Flavigny les relíquies de Sant Praejectus.
El monestir també es conservaven les relíquies de Santa Regina, decapitada a la ciutat d'Alise (anomenada des de llavors Alise-Sainte-Reine).
El monestir fou reconstruït en el segle xvii i ocupat per Benedictins de la Congregació de Sant Maur, que treballaren en recerca de documents històrics de l'abadia, però els seus treballs van desaparèixer durant la Revolució francesa, moment en què l'abadia va ser dissolta.
_Abbaye_Saint-Pierre_-_Ruines_de_l%27abbatiale_-_01.jpg)
