Malgrat la seva decadència va començar durant el segle xiv, va ser la Revolució la que va marcar la fi de l'activitat monacal. L'abadia va ser venuda com a propietat nacional i el seu nou propietari, i els seus descendents es van ocupar de desmantellar-la. Avui els seus elements principals es troben dispersos. Una gran part del claustre va ser muntat en un jardí públic de Sent Gaudenç, i la resta es troba als Estats Units, concretament al Museu dels Claustres de Nova York. L'escultura jacent del comte Bernat la va comprar el Museu dels Agustins el 1823.[5]
Als anys 80, dues associacions van comprar el lloc per salvaguardar-lo. Gràcies a la seva intervenció, l'abadia de Bonafont va ser classificada com a Monument Històric, cosa que va facilitar la realització d'obres d'excavació i restauració.
El març del 2010, les associacions propietàries van vendre la finca abacial al preu simbòlic d'1 euro a la Comunitat de municipis del cantó de Sant Martòri.[6] Cada any s'hi duen a terme noves restauracions: el portal (el 2013), consolidació dels elements de fusta del celler de l'edifici (el 2014) i una part de la façana de la sala capitular (el 2016).[5]
Higounet, Charles. Le Comté de Comminges : De ses origines à son annexion à la Couronne (en francès). Sent Gaudenç: L'Adret, 1984. ISBN 2904458050. «primera edició 1949»