Els orígens del futbol a Magdeburg es remunten fins al 15 de juny de 1896 amb la creació del SV Victoria 96 Magdeburg, un destacat club amb anterioritat a la II Guerra Mundial. Amb l'acabament de la guerra i l'ocupació soviètica el club fou desfet.
L'any 1945, jugadors dels desapareguts Magdeburger SC Prussia 1899 i Cricket Viktoria Magdeburg formaren el Sportgruppe (SG) Sudenburg que es fusionà amb el SG Lemsdorf per formar el club esportiu BSG Eintracht Sudenburg, el qual més tard es fusionà amb el SAG Krupp Grusson el 1950. El 1951 esdevingué BSG Stahl Magdeburg, i el 1952 BSG Motor Mitte Magdeburg. El 1957 esdevingué SC Aufbau Magdeburg i el 1965, la secció de futbol se separà del club formant el 1. FC Magdeburg.
