Kako se ćelije primarnog mezenhima odvajaju od vegetativnog pola u gastruli i ulaze u tečnošću ispunjenu šupljinu u centru (blastocel), preostale ćelije na vegetativnom polu se poravnavaju da se formira vegetativna ploča. Ovo se kopča unutra prema blastocoelu, u procesu koji se zove invaginacija. Ćelije se i dalje preuređuju dok se u plitkom ulegnuću ne formira dublja invaginacija, uža torbica koja nastaje od gastrulinogendoderma. To sužavanje produžuje arhenteron i pokreće konvergentno proširenje. Otvoreni kraj arhenterona se zove blastopor.[5][6]
Filopodije – tanke niti formirane od mezenhimskih ćelija – javljaju se u kontrakciji kasne gastrule za povlačenje vrha archenteron preko blastocela. Endoderm arhenterona se spoja sa ektodermpm u zid blastocela. U ovooj fazi, gastrulacije je potpuna, a gastrula ima funkcionalnu probavnu cijev.