Historija formalnog obrazovanja u Estoniji datira unazad od 13–14. vijeka kada su prve monaške i katedralne škole osnovane. Prvi prajmer na estonskom jeziku bio je objavljen 1575. Najstariji univerzitet je Univerzitet u Tartuu koji je osnovao švedski kralj Gustav II Adolf 1632. Godine 1919, univerzitetski kursevi bili su prvi koji su se predavali na estonskom jeziku.
Današnje obrazovanje u Estoniji je podijeljeno u opće, zanatsko i hobi obrazovanje. Obrazovni sistem je zasnovan na četiri nivoa što uključuje pretškolsku, osnovnu, srednju i višu edukaciju.[1] Široka mreža škola i podržavajućih obrazovnih institucija je uspostavljena. Estonski obrazovni sistem sastoji se od državnih, općinskih, javnih i privatnih obrazovnih institucija. Trenutno postoji 589 škola u Estoniji.[2]
Viša akademska edukacija u Estoniji je podijeljena u tri nivoa: bachelor studij, master studij i doktorski studij. U nekim vještinama (osnovne medicinske studije, veterina, farmacija, zubotehnika, arhitektura i učiteljski program) imaju spojene bachelor i master nivoe studija u jednu cjelinu. Također bakalaureusekraad koji se dodijeljivao prije i tokom 2002. godine je ekvivalent master nivou nakon implementiranja Bolonjskog procesa 1. septembra 2002.[3][4] Estonski javni univerziteti imaju značajno više autonomije nego institucije primijenjene više edukacije. U dodatku sa organiziranjem akademskog života univerziteta, univerziteti mogu napraviti novi nastavni plan i program, utvrditi uvjete za upis, odobravati budžet i odobravati plan razvoja, vršiti izbor rektora i napraviti ograničene odluke u stvarima koje se odnose na imovinu.[5] Estonija ima umjeren broj javnih i privatnih univerziteta. Najveći javni univerziteti su Tartu univerzitet, Talinski univerzitet tehnologije, Talinski univerzitet, Estonski univerzitet životnih nauka, Estonska akademija umjetnosti, Estonska akademija muzike i teatra i najveći privatni univerzitet je Međunarodni univerzitet Audentes.
Estonska akademija nauka je estonska nacionalna akademija nauka. IT industrija u Estoniji u kasnim 1950tim kao prvi računarski centri osnovani su u Tartuu i Tallinnu. Estonski stručnjaci doprinijeli su razvoju standarda softverskog inženjerstva za različita ministarstva Sovjetskog saveza tokom 1980tih.[6][7]
