Ovaj članak ili neki od njegovih odlomaka nije dovoljno potkrijepljen izvorima (literatura, veb-sajtovi ili drugi izvori). Ako se pravilno ne potkrijepe pouzdanim izvorima, sporne rečenice i navodi mogli bi biti izbrisani. Pomozite Wikipediji tako što ćete navesti validne izvore putem referenci te nakon toga možete ukloniti ovaj šablon.
Henrik ju je sa četrnaest godina odlučio udati za škotskog kralja, Jakova IV. Parlament se usprotivio ovoj kraljevoj odluci, jer bi sva djeca rođena iz toga braka bila direktno uključena u nasljedni niz za engleski tron. Henrik je odgovorio da će, budu li se Engleska i Škotska trebale ujediniti pod Margaretinim potomkom, Škotska biti pripojena Engleskoj, a ne Engleska Škotskoj. Usprkos daljenjem protivljenju parlamenta, brak je formalno sklopljen 24. januara1502. godine, a Margareta je konačno stigla u Škotsku slijedeće godine. Četvero djece je rođeno u ovom braku, od kojih je samo jedan sin, budući Jakov V, preživio djetinjstvo.
Mir između dvaju kraljevstava, zapečaćen brakom između škotskog kralja i engleske princeze, jedva je nadživio samog Henrika. Njegov je nasljednik, ratoborni Henrik VIII, nedugo po dolasku na tron objavio rat Francuskoj. Osjećajući dužnost da odbrani vijekovima staru alijasnu između Škotske i Engleske, Jakov IV je izvršio invaziju na Englesku, samo da bi poginuo u bici od Floddena. Margareta se protivila invaziji, bez obzira na to što ju je Jakov imenovao regentom u slučaju njegove smrti. Jakovljeva oporuka davala je Margareti pravo da upravlja kraljevstvm za vrijeme maloljetnosti njihovog sina, dok god ona ostane udovica.
Kao žena i sestra suparničkog kralja, Margareta nije bila dobrodošla kao regent. Pro-francuski orijentisana partija ubrzo je okrenula plemstvo protiv Margarete, tražeći da na mjestu regenta bude zamijenjena Johnom Stewartom, najbližim muškim rođakom dvogodišnjeg kralja. Margareta se ponašala smireno, te je do 1514. uspjela dovesti do ponovnog mira između Engleske i Škotske.
Drugi brak
Lični grb Margarete Tudor
Tražeći podršku u jačajućem plemstvu, Margareta se okrenula sve moćnijoj plemićkoj kući Douglas. Ubrzo se zainteresovala za Archibalda Douglasa, mladog grofa od Angusa, s kojim je nepromišljeno sklopila tajni brak. Pro-francuske frakcije ojačale su nedugo nakon što se pročula za Margaretin brak, koji ju je, prema oporuci Jakova IV, koštao pozicije regenta. Parlament je izjavio da je ovim brakom izgubila i pravo na skrbništvo nad sinom, koje je zatražio novi regent.
Margareta je bila prisiljena djecu prepustiti Johnu Stewartu. Sada trudna sa Douglasom, Margareta se skrasila u Edinburghu. Henrik VIII je u to vrijeme pozivao Margaretu da sa sinovima pobjegne u Englesku, pod njegovu zaštitu, ali ona je odbila u strahu da bi time njen sin mogao izgubiti krunu. Nakon dužeg ubjeđivanja pristala je otići u Englesku sa novorođenom kćerkom, ali joj se muž i sin nisu pridružili.
U Engleskoj je provela godinu dana, a zatim se odlučila vratiti u Škotsku, samo da bi zadobila još veće nepovjerenje plemića, a pristup sinu je dobijala jako teško. Vrativši se u Škotsku otkrila je muževu nevjeru. Godine 1518. pisala je bratu, koji je tada još uvijek gajio stroge katoličke poglede prema razvodu, o svojim željama za prekidom braka. Razljućena muževim postpucima, Margareta se približila Johnu Stewartu i njegovim sljedbenicima. Nadala se da će njegov uticaj u Vatikanu pospješiti njenu aplikaciju za razvod. Svađe između supružnika dominirat će škotskom politikom sljedeće tri godine.
Treći brak i smrt
Naizgled poboljšani odnos između Margarete i Johna Stewarta će se pokazati čistom političkom alijansom kada Margareta odluči izvršiti državni udar i zbaciti ga sa pozicije regenta. Svoje namjere je ostvarila 1524. godine, te je tom prilikom njen dvanaestogodišnji sin po prvi put dobio pune kraljevske ovlasti, a parlament je Margaretu priznao za kraljevu glavnu savjetnicu. Margareta se tada počinje vezati za Henryija Stewarta, što dovodi do krvavog sukoba sa Douglasom. Papa Klement VII joj je odobrio zahtjev za razvod braka u martu 1527. godine, ali Margareta za to nije saznala sve do decembra zbog tadašnje složene političke situacije u Evropi. Margareta nije gubila vrijeme, te je odmah iskoristila priliku i udala se za Henryija Stuarta. Henrik je sestri jako zamjerao na ovoj odluci, ali tek nekoliko godina poslije i on sam će papi poslati isti zahtjev. Margareta je ubrzo postala nezadovoljna i ovim brakom.
