Karačajci su pripadnici turkijske grupe naroda a vode porijeklo od Kipčaka dok zajednički jezik dijele sa Kumicima iz Dagestana.
Kipčaci su naselili Kavkaz u 11. vijeku i uspostavili svoju državu Alaniju sa glavnim gradom Maghasu još prije mongolskih osvajanja. Kao glavni grad te države neki autori navode Arkhyz, naselje u planinama koje su trenutno naseljene Karačajcima dok ga drugi autori smještaju na područje današnje Ingušetije ili Sjeverne Osetije-Alanije. U 14. vijeku, Alanija je uništena od strane tursko-mongolskog vladara Timura pri čemu se desetkovano stanovništvo raselilo u planine. Timurovi upadi na područje Sjevernog Kavkaza bili su uvod u proces prelaska stanovništva tog područja u islam.
Tokom 19. vijeka Rusija je preuzela to područje nakon ruskog osvajanja Kavkaza. 20. oktobra 1828. godine vođena je bitka kod Khasauke u kojoj je ruska vojska pod komandom generala Georgija Arsenijeviča Emmanuela odnijela pobjedu. Dan poslije bitke, dok se ruska vojska približavala aulu Kart-Dzhurta, predstavnici Karačajaca su se sastali sa ruskim prerdstavnicima pri čemu je postignut dogovor o uključivanju Karačajaca u Rusko carstvo.
Nakon zauzimanja područja koje su naseljavali, Karačajci su zadržali izvjesni vid autonomije. Saradnja sa susjednim muslimanskim narodima i dalje se odvijajala na osnovu narodnih običaja i šerijatskog zakona.