Projekat KEGG baze podataka pokrenuo je 1995. godine Minoru Kanehisa, profesor na Institutu za hemijska istraživanja Univerziteta Kjoto, u okviru tadašnjeg Japanskog programa za ljudski genom.[1][2] Predviđajući potrebu za kompjuterizovanim resursom koji se može koristiti za biološku interpretaciju podataka o sekvenci genoma, započeo je razvoj baze podataka KEGG PATHWAY. To je zbirka ručno nacrtanih KEGG karata putanja koje predstavljaju eksperimentalno znanje o metabolizmu i raznim drugim funkcijama ćelije i organizma. Svaka mapa puta sadrži mrežu molekularnih interakcija i reakcija i dizajnirana je da poveže gene u genomu sa genskim proizvodima (uglavnom proteinima) na putu. Ovo je omogućilo analizu nazvanu KEGG mapiranje puteva, pri čemu se sadržaj gena u genomu upoređuje sa bazom podataka KEGG PATHWAY kako bi se ispitalo koji putevi i povezane funkcije će vjerovatno biti kodirani u genomu.
Prema programerima, KEGG je "kompjuterska reprezentacija" biološkog sistema.[3] On integriše građevne blokove i dijagrame ožičenja sistema – preciznije, genetske građevne blokove gena i proteina, hemijske građevne blokove malih molekula i reakcija, i dijagrame ožičenja molekularnih interakcija i reakcionih mreža. Ovaj koncept je realizovan u sledećim bazama podataka KEGG, koje su kategorisane u sistemske, genomske, hemijske i zdravstvene informacije.[4]
