Prikaz Cys2His2 motiva cinkovog prsta, sastavljenog od alfa heliksa i antiparalelne beta ravan ravni. Ion cinka (zeleno) ima koordinatne veze sa dva histidina i dva cisteina.Prikaz proteinaZif268 (plavo) koji, u kompleksu sa DNK molekulom (narandžasto), ima tri cinkova prsta ).
Cinkovi prsti su mali proteinskistrukturni motivi koji mogu da tvore koordinatne veze sa jednim ili više iona cinka koji stabiliziraju njihovu strukturu. Svrstavaju se u nekoliko različitih strukturnih familija, tj. proteina cinkovog prsta.
Tipski cinkovi prsti su moduli koji ulaze i unterakcije sa DNK, RNK, proteinima, ili malim molekulama. Izvorno, naziv „cinkov prst“ je označavao prstolike forme na dijagramima pretpostavljenih struktura ponavljajućih jedinica vodozemcaXenopus laevistranskripcijskog faktoraGTF3A.[1][2]
Klase cinkovog prsta
Budući da su kompleksi iona cinka i [aminokiselina|[aminokiselinskih]] ostataka cisteina i histidina, cinkovi prsti se klasificiraju po tipu i redu ostataka koji koordiniraju cink, odnosno Cys2His2, Cys4, i Cys6. Sistematičnija je klasifikacija u različite grupe prema savijanju, tj. na osnovu sveukupnog oblika proteinske osnove. Najčešće grupe savijanja cinkovih prstiju su Cys2His2-slični („klasični cinkov prst“), trostruki ključ, i cinkova traka.[3]
Moguće strukture cinkovog prsta
Grupa
Reprezentativna struktura
Plasman liganda
Cys2His2
Dva liganda formiraju zglavak, a dva dodatna C terminus heliksa.
Gag zglavak
Dva liganda formiraju zglavak, a dva dodatna kratki heliks ili petlju.
Trostruki ključ
Dva liganda formiraju zglavak, a dva dodatna N terminus heliksa.
Cinkova traka
Dva liganda formiraju dva zglavka.
Zn2/Cys6
Dva liganda formiraju N terminus heliksa, a dva dodatna petlju.
TAZ2 domenu sličan
Dva liganda formiraju terminuse dva heliksa.
Reference
^Miller J., McLachlan A. D., Klug A. (1985): Repetitive zinc-binding domains in the protein transcription factor IIIA from Xenopus oocytes. EMBO J., 4 (6): 1609–1614.
^Hanas J. S., Hazuda D. J., Bogenhagen D. F., Wu F. Y,, Wu C. W. (1983). Xenopus transcription factor A requires zinc for binding to the 5 S RNA gene. J. Biol. Chem., 258 (23): 14120–14125. PMID 6196359.
^Krishna S. S., Majumdar I., Grishin N. V. (2003): Structural classification of zinc fingers: survey and summary. Nucleic Acids Res., 31 (2): 532–550.
McDowall J. "Protein of the Month: Zinc Fingers". European Molecular Biology Laboratory - European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI). Pristupljeno 13. 1. 2008.
Goodsell DS. "Molecule of the Month: Zinc Fingers". Research Collaboratory for Structural Bioinformatics (RCSB) Protein Data Bank (PDB). Arhivirano s originala, 31. 5. 2008. Pristupljeno 13. 1. 2008.
