От третия квалификационен кръг има два разделени потока: в потока на шампионите играят националните първенци само срещу други национални шампиони, докато „преследвачите“ т.е. отборите, завършили на второ, трето или четвърто място, играят помежду си в потока на нешампионите. Отпадналите от този кръг отбори участват в плейофите на Лига Европа 2013/14.
Първите срещи ще се играят на 30 и 31 юли, а реваншите са на 6 и 7 август 2013 г.
Последният квалификационен кръг е наречен „Плейоф“ с цел по-добър маркетинг. От този кръг правата за излъчване на определени срещи се продават централно от УЕФА, за да се генерира по-голям медиен интерес, което от своя страна трябва да доведе до по-високи приходи от реклама. Отпадналите от този кръг отбори участват в груповата фаза на Лига Европа 2013/14.
Първите срещи ще се играят на 20 и 21 август, а реваншите са на 27 и 28 август 2013 г.
1 ПАОК Солун заема мястото на украинския Металист Харков, които са отстранени от турнирите на УЕФА за този сезон, след като е доказано, че са участвали в уреждане на мачове.
2 На 27 август Апелативният спортен съд потвърди наказанието, наложено от УЕФА над Фенербахче, с което турският клуб е отстранен от по-нататъшно участие в европейските клубни турнири тази година и за последващите две години, в които клубът се класира за тях. Причината е доказан случай на уреждане на мачове. Мястото на Фенербахче в Лига Европа е определено на 30 август чрез жребий от 30-те отпаднали отбора на плейофите за Лига Европа.
Жребият се проведе в Монако на 29 август 2013. Отборите са разделени в четири урни в зависимост от коефициентите им в ранглистата на УЕФА. Те са изтеглени в 8 групи по 4 отбора, като отбори от една и съща държава не могат да се паднат в една група.
В групата отборите ще играят на принципа всеки-срещу-всеки на разменено гостуване. Мачовете ще се играят на 17 – 18 септември, 1 – 2 октомври, 22 – 23 октомври, 5 – 6 ноември, 26 – 27 ноември, и 10 – 11 декември 2013. Първите два отбора от всяка група се класират за елиминационната фаза, а третият отбор в групата отива в шестнайсетинафиналната фаза на Лига Европа. Аустрия Виена ще направи дебют в груповата фаза.
Осемте победители от групите, заедно с отборите завършили на 2-ро място се теглят в 8 двойки, които играят 2 мача помежду си. В тази фаза не могат да се срещнат отбори от същата група или от същата футболна асоциация. Победителите от групите играят реванша като домакини.
Жребият беше теглен на 16 декември2013 г. в Нион, Швейцария. Първите мачове се играха на 18, 19, 25 и 26 февруари 2014, а реваншите ще са на 11, 12, 18 и 19 март 2014.
От фазата на четвъртфиналите отборите се теглят от една обща урна, като първият изтеглен отбор е домакин в първия мач. Жребият се състои на 21 март 2014 г. Мачовете се играят на 1 и 2 април 2014 г. (първи срещи), както и на 8 и 9 април 2014 г.
