През 1607 г., на 20 години, той става кардинал. Брат му Франческо IV Гондзага умира на 22 декември 1612 г. без мъжки наследник и Фердинандо Гондзага наследява титлата херцог и трябва да напусне църковната си служба.
Фердинандо се жени тайно през 1615 г. за Камила Фаа ди Бруно (* ок. 1599, † 14 юли 1662), дъщеря на граф Ардицино Фаà, граф на Бруно, и Маргерита Фасати. От нея има незаконен син Франческо Джачинто (1616 – 1630). Развежда се през 1616 г.
Фердинандо Гондзага умира на 39 г. на 29 октомври 1626 г. Погребан е в църквата „Санта Барбара“ в Мантуа. Наследен е като херцог от по-малкия му брат Винченцо II Гондзага.
Gino Benzoni: FERDINANDO Gonzaga, duca di Mantova e dei Monferrato. In: Fiorella Bartoccini (Hrsg.): Dizionario Biografico degli Italiani (DBI). Band 46 (Feducci–Ferrerio), Istituto della Enciclopedia Italiana, Rom 1996.
Brinton, Selwyn. The Gonzaga--Lords of Mantua. London: Methuen, 1927, pp. 193 – 204