Фердинанд не става духовник, а командир на баварската войска от 5000 души и води успешната Кьолнска война от 1583 до 1584 г. През 1584 г. Фердинанд напада Годесберг и завладява Бон. Така той успява да постави по-малкият си брат Ернст (1554 – 1612) като курфюрст на Кьолн.
На 26 декември 1588 г. Фердинанд се жени, против волята на фамилията му, в морганатичен брак, за Мария Петембек (1573 – 1619), 15-годишната дъщеря на Георг фон Петембек, съдия в Хааг в Горна Бавария, и Фелицитас Симон. Той се отказва от претенции за трона.
През 1602 г. по-големият му брат Вилхелм V издига неговите деца на графини и графове на Вартенберг. Тази линия, наричана и „Фердинандска линия“, свършва по мъжка линия през 1736 г.
Фердинанд подарява църквата „Св. Николаус от Толентино и Св. Себастиан“ в Мюнхен.
Той умира в Мюнхен, където живее с фамилията си в палат на пазара. Погребан е в църквата Фрауенкирхе в Мюнхен, а сърцето му в основаната от него църква.
Деца
Фердинанд Баварски и Мария Петембек имат 16 деца:[1][2][3]
Мария Клара (1608 – 1652), монахиня и абатиса в Краков
Литература
Georg Wilhelm Hopf, Bayerische Geschichte in Zeittafeln: ein Handbuch für Lehrer, Beamte, wie für alle Freunde der Vaterlandskunde, Schmid, 1865, S. 43
