Предполага се, че сградата на манастира е изградена от самостоятелния мелнишки владетел деспот Алексий Слав около 1209 – 1211 г. През 1220 година деспот Слав издава грамота на манастира – Сигилият на деспот Алексий Слав, с която му дарява земя, книги и църковна утвар и му дава пълен имунитет.[1] От втората половина на XIV век до началото на XX век манастирът е метох на Ватопедския манастир в Света гора. Дълго време манастирът запазва почетното си място в духовния и културния живот на Мелник. Той има важно значение и цариградските патриарси неведнъж повеляват на местните митрополити да не се бъркат в делата му. Запада едва през XIX век, заедно с другите мелнишки манастири.[2]
Иконата на Света Зона (Честния пояс) от манастира, пренесена във Валовища, XVIII век, светогорски автор
Манастирът е разположен на плато на хълма Свети Никола в източния край на Мелнишката крепост. Едната от двете кули охраняващи пътя към Неврокоп е манастирската. Манастирът е разрушаван в средата на XIII, в XVI и в XVIII век. В 1795 година в развалините на манастира е построена църквата „Света Богородица на Светия пояс“ („Света Зона“). Манастирът е изоставен след изселването на гръцкото население в 1913 година. През 40-те години върху средновековната манастирска църква е построен параклис.[1] В стенопис има вписан надпис:
↑ абвГоляма енциклопедия България, Том 7. София, БАН, Научноинформационен център „Българска енциклопедия“, Книгоиздателска къща „Труд“, 2012. с. 2777.
↑Мелник. Манастир „Св. Богородица Спилеотиса“. София, „Издателство на БАН“, т.2, 1994, стр. 20.
↑Trifonova, Alexandra Ph. Ελληνικές μεταβυζαντινές επιγραφές από το Μελένικο και την περιοχή του // Σερραϊκά Σύμμεικτα (4). Σέρρες, 2018. σ. 74. (на гръцки)
