Тя оставя неомъжена. Не се осъществяват плановете да я омъжат в португалския кралски двор, където нейната сестра Мария-Анна е кралица.
Мария Магдалена е много близка с племенница си Мария Терезия, дъщерята на нейния брат Карл (император Карл VI).
Тя умира на 54 години от пневмония и е погребана в императорската гробница във Виена.
Литература
Constantin von Wurzbach: Habsburg, Maria Magdalena. In: Biographisches Lexikon des Kaiserthums Oesterreich. Band 7. Verlag L. C. Zamarski, Wien 1861, S. 58